慕尼黑爱乐乐团于1893年在弗朗茨·凯姆,一位钢琴制造商的儿子的个人倡议下组建,一经组建便与众多知名指挥合作,为慕尼黑的音乐生活留下了永恒的印记。乐团曾被称为“凯姆交响乐团”(乐团早期名称)当时与汉斯·温德施泰因、赫尔曼·祖姆培、费迪南德·勒弗(布鲁克纳的学生)等知名指挥的合作保证了乐团极高的演奏水平,乐团同时还致力于演奏当时的音乐作品。自成立之初起,慕尼黑爱乐乐团便把“欢迎所有的观众”作为乐团艺术理念的一部分,并据此调整演出曲目和音乐会票价。
在由费利克斯·魏因加特纳担任指挥期间,乐团通过增加出国巡演巩固和提高了国际知名度。
古斯塔夫·马勒在1901年及1910年亲自指挥乐团完成了其第四和第八交响曲的世界首演,在他去世后的半年,他的作品《大地之歌》也在布鲁诺.沃特的指挥下由乐团首演。1908年,凯姆管弦乐团更名为慕尼黑演奏家协会管弦乐团。1908至1914年,费迪南德·勒弗再次执掌乐团,勒弗于1898年3月1日在维也纳第一次指挥乐团演奏布鲁克纳第五交响曲大获成功,此后乐团逐步确立了演奏布鲁克纳作品的传统,并一直延续至今。
1920至1936年,齐格蒙德·冯·豪赛格接任乐团总监,在他的任期内,乐团更名为“慕尼黑爱乐乐团”,并完成了许多音乐作品的首演,其中包括两部布鲁克纳交响曲原稿的首演。1938年至1944年,奥地利指挥奥斯瓦尔德·卡巴斯塔执掌乐团,期间延续了乐团诠释布鲁克纳作品的光荣传统,并在一系列国内外的演出中证明了乐团不俗的实力。
慕尼黑爱乐乐团在二战之后的首场演出,由欧根·约胡姆指挥,上演门德尔松为莎士比亚《仲夏夜之梦》创作的序曲,这首曲子在纳粹统治期间曾被禁止演出。1945年秋,杰出的指挥家汉斯·罗斯鲍德成为乐团总监,在延续传统的同时,也增加了对新音乐的关注。1949至1966年,弗里茨·里格尔接任总监,将乐团与年轻人的合作作为工作重点。鲁道夫·肯佩自1961年起执掌乐团直至
1976年去世前带领乐团首次在前苏联巡演,在他及前任总监们的调教下,乐团已然跻身世界顶级乐团的行列。
1979年2月,罗马尼亚指挥家塞尔吉乌·切利比达克与慕尼黑爱乐合作了第一场音乐会并于同年7月被任命为乐团新任音乐总监。切利比达克带领乐团在欧洲、南美和亚洲多国进行了巡演,他执棒的布鲁克纳系列音乐会为奠定乐团极高的国际声誉做出了巨大的贡献。慕尼黑爱乐原在位于土耳其大街的音乐厅驻场地演出。在1944年音乐厅毁于战火之后,乐团便长期使用赫库里音乐厅演出。1985年乐团终于结束了长达40年的漂泊,迎来属于自己的音乐厅:嘉斯台音乐厅。
1999至2004年,詹姆斯·莱文担任慕尼黑爱乐乐团的首席指挥,他带领乐团进行了一系列密集的巡回演出,2000年,在完成了欧洲巡演后,莱文和乐团在纽约卡内基音乐厅登台;2002年夏天,他们又在伦敦一起完成了BBC逍遥音乐节的首秀。2003年,乐团被德国音乐出版协会授予“2003-2004乐季最佳音乐会曲目”奖。同年5月,克里斯蒂安·蒂勒曼与乐团签订合同,成为新一任音乐总监,并于2004年10月29日执棒履新的首场音乐会,带来安东·布鲁克纳的第五交响曲。
2005年10月20日,克里斯蒂安·蒂勒曼与慕尼黑爱乐乐团有幸在梵蒂冈保罗六世礼堂为罗马教皇本笃十六世及7000位受邀嘉宾献上音乐会。2001年11月,他带领乐团出访亚洲,在日本、韩国及中国进行巡演,巡演取得巨大成功,2010年3月他们第二次应邀前往日本巡演。2009年1月,克里斯蒂安·蒂勒曼执棒乐团上演了理查德·施特劳斯的歌剧《玫瑰骑士》,自此开启了与巴登-巴登艺术节的长期合作,一年后,乐团又排演了理查德·施特劳斯的另一部歌剧《埃莱克特拉》。2011年一月,乐团还演奏了约翰内斯·勃拉姆斯的四部交响曲。
2010年9月,慕尼黑爱乐乐团与时任乐团名誉指挥的祖宾·梅塔前往南美洲进行巡演,取得了巨大成功。同年10月,为庆祝马勒第八交响曲首演100周年,蒂勒曼带领乐团上演了两场音乐会,再奏马勒第八交响曲。
2012年,洛林·马泽尔成为了乐团的新任总监,在他的两年任期内,马泽尔拓宽了乐团的曲目储备并使乐团的演奏更富灵动性。从2015/16乐季开始,慕尼黑爱乐乐团的音乐总监由瓦莱里·捷杰耶夫担任,他与乐团一起开启了一项前所未有的合作:继2011/12乐季与马林斯基交响乐团共同演绎德米特里·肖斯塔科维奇的全套共15首交响曲之后,在2013/14乐季再度携手带来伊戈尔·斯特拉文斯基的作品。